环保部不久前的公告显示，海正药业被查出“外排废水COD超标排放，电缆沟积存高浓度污水；抗生素菌渣等危险废物擅自出售给无资质的企业；与环保部门联网的在线监测数据弄虚作假”等问题。
　　上述环境违法案已责成地方环保局督办并处以罚款。
　　海正药业也承认上述环保问题“确实被查出”，公司已在进行整改。因从性质来说并不属于严重违法现象，预计罚款数额不会很高。
　　不过，海正药业的公告对于环境保护部门联网的在线监测数据弄虚作假问题，海正药业似乎并不承认。称环保监测系统是环保部门依据相关规定委托专业公司统一安装的，并委托台州市环科环保设备运营维护有限公司负责运行、维护与保养，公司没有开箱、操作及校验权限。发现该情况后，公司立即通知台州市环科环保设备运营维护有限公司，根据台州市环科环保设备运营维护有限公司相关人员现场检查后发现，在线流量监测设备的电磁流量计表头输出部分发生故障，导致输出信号的强度变化，显示的流量读数出现较大偏差。
　　不少机构也认为，该事件影响并不大。安信证券邹敏就认为，“本次环保问题的整改对公司的影响不大，预计唯有电缆沟的整修可能将暂时影响椒江岩头厂区部分车间的生产，但公司可以通过统筹安排生产加以解决，整体影响不大。”并指出，“海正药业在环保、安全生产方面的重视一直是行业里的典范……”
　　实际上，海正药业因污染所付出的代价严重。
　　早在2003年11月，央视《新闻调查》就曾报道，海正药业存在超标排放和违规排放问题，台州当地的环保部门测评，当地50％的污染来自海正药业；《医药世界》杂志曾经刊登过一篇名为《海正药业污染贻害苍生》的文章，报道了海正药业药厂周围的村民癌症和呼吸道疾病的比例，最近几年大幅攀升的情况。
　　近年来，当地居民对海正药业涉嫌污染也多有投诉。
　　去年5月，有市民向台州市环境保护局网站投诉，海正基本上每天都会排放带有发酵味的恶臭气体，每次气体一排出来，整个人就头晕、呕吐、全身无力、很难受。希望有关部门加以整顿。
　　治污也靠产业转移？
　　浙江台州是环保污染极其敏感的区域。曾立志成为“华东第一原料药基地”的台州椒江两岸的医药化工园区，几十年来因废水、废气污染而一直饱受市民诟病。
　　随着整治力度的加大，不少企业向苏北转移。记者2011年6月13日报道，“苏北等地不少县市的官员一直在台州等着拿关停企业的名单，一旦这些企业有意向，他们立即将其“招而引之”。目前也确实已有十多家化工企业北迁了。”
　　地方政府部门在对投诉的答复中明确，“加大对海正药业的环境监管，督促企业按期完成外沙厂区发酵和合成项目的搬迁，加快产品结构调整进程，逐步减少对城区的环境压力。”
　　基于上述等原因，海正药业2011年9月公告，公司在江苏如东建设新的原料药生产基地，注册资本15000万元的海正药业（南通）股份有限公司随之成立，主营医药中间体、原料药及制剂，兽药等的生产和销售。
　　安信证券就认为，根据海正所在台州市椒江区的城市规划及医化产业转型升级的要求，公司现有外沙、岩头厂区的化学原料药、中间体的生产面临较大的环保压力，并且浙江省内的可选基地较少，而新公司的选址在如东沿海经济开发区高科技产业园二期，2005年被中国农药工业协会确定为“中国农药工业产业园”，成本较低，配套也较为完善。
　　根据产业承接地的消息，投资超10亿元的海正药业在4月份就已经落户如东县沿海经济开发区。当地政府对于此次招商引资充满期待，“此次投资我县沿海经济开发区的海正药业企业和海正化工企业将成为海正集团的第五个生产基地，将会产生15亿元的年销售规模，并给如东带来更大的国际知名企业营销网络。”
　　但是，对于此次产业转移，当事地方的不少民众表达了强烈的抗议。
　　未来难以预判
　　应该说，海正药业在环保方面的确下了功夫。
　　根据公司披露的2010年社会责任报告，海正药业称“公司在过去5年共投入2亿多元用于“三废”处理，公司的废水、废气等硬件设施已基本达到国内先进水平”。
　　台州环保部门也表示，“海正药业作为我市的医化龙头企业，在环境整治方面的力度和投入也是巨大的，现累计投入用于“三废”处理的资金高达2亿多元，占生产性固定资产总额的12％。“
　　公司官方网站“公司荣誉”一栏中，海正药业几乎每年都会获得与社会责任相关的奖项。以2010年为例，公司获得了“中国医药企业社会责任孺子牛奖”。
　　但显然产业转移并不是解决海正药业环保难题的根本出路。“这是做原料药生产企业的行业性问题，海正药业也属于污染比较严重的，这类企业面临政策风险，对于未来发展不好预判。”一位关注海正药业的研究员如是说。