在一份自己撰写的报告里，曹文宣用“已受到严重损害”、“保护刻不容缓”等措辞来描述长江水生生物当前面临的危险。他将损害长江渔业资源的因素归为6类：1.酷渔滥捕，这是最直接和最重要的因素；2.围湖造田；3.工矿废水；4.江湖阻隔；5.水利水电工程；6.农业面源污染。

　　长江是中国淡水渔业最重要的产区，渔产量约占全国淡水鱼产量的56%。在中国主要的35种淡水鱼养殖对象中，长江自然分布的有26种，其中青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼四大家鱼的种类品质被认为是我国所有水系中最优的。过去人工饲养的“家鱼”鱼苗、现在人工繁殖用的“家鱼”亲鱼，都是取自长江。

　　曹文宣是中科院院士、鱼类学家，曾先后参与葛洲坝、三峡、小南海等水利水电工程的论证工作。曹文宣告诉记者，长江不仅是四大家鱼最大的野生种群保持地和基因库，还盛产鲤鱼、鲫鱼等数十种经济鱼类，以及胭脂鱼、鳜鱼等珍贵鱼类，也是白鲟、江豚等濒临灭绝水生生物最后的庇护所。因此也被称为中国淡水渔业的种质资源库。

　　鱼类是生物链的关键环节之一，没有鱼类，以鱼类为生的其他动物就将无法存活。没有鱼来吃掉水体里的浮游生物，水体也将失去一项重要自净功能。如果鱼类灭绝，整个长江流域的物种多样性和生态体系就面临崩溃。

　　在上世纪60年代，长江干流四大家鱼鱼苗径流量在1000亿尾左右，而现在宜昌产卵场每年的家鱼产卵量仅有数千万粒。长江著名的“三鲜”中，鲥鱼已在长江绝迹；刀鲚在2012年的上海市场上已经炒到8000元一斤；暗纹东方已经形不成鱼汛——这三种典型的溯河洄游性鱼类自然资源已极度濒危。

　　“所以我就建议长江要休渔十年，滥捕导致减少的鱼，休渔之后还能长回来。”曹文宣说，“三峡修建起来后，水变深了，水温的变化滞后了。四大家鱼在修坝之前产卵的时间一般是4月末5月初，三峡修了过后，就延后到5月下旬。1983年我专门做了报告《水利资源对鱼类的影响》，现在为止的环评依据，就是我那个报告。”

　　珍稀鱼类也是一样，曹文宣说：“中华鲟是10月末11月初开始产卵，现在又滞后了。中华鲟是要等水温降低到19度以下才产卵。现在水温下降的时间也滞后了。

　　根据中科院的观测记录，长江葛洲坝枢纽兴建前，上游重庆、万县、秭归等产卵场繁殖的卵苗，主要是草鱼苗，都漂流到中游生长。葛洲坝是一座低水头径流式电站，从泄水闸下泄的卵、苗，多数能存活，一些死鱼体内发现有气泡。

　　三峡工程于2003年6月开始蓄水至139米，通过泄水闸下泄的鱼苗受氮气过饱影响，多数死亡。

　　2007年蓄水至156米，通过泄水闸下泄的鱼苗3.16亿尾，但98%死亡。2008年从三峡下泄的家鱼苗9.12亿尾，同样大量死亡。

　　曹文宣解释，水电——水的自然流动、涨落被改变了之后，尤其是深水水库形成了之后，会影响区域气候，降低河流自净能力，大量有害物质也会生成，进而影响鱼类食物链。

　　“像新安江水库、丹江口水库，多年调节的深水水库，在低温水的条件下面，很多重金属发生了甲基化，变成有机的东西，会通过浮游生物传递，通过食物链传递到人，对人是有害的。” 曹文宣说。

　　“葛洲坝的水流动还可以，三峡就差一些，溪洛渡、白鹤滩就更差了。不光是甲基化，还有很多植物沉积在下面以后变成沼气，也是一种还原状态。沼气也是温室气体，也是碳排放啊。”

　　“小南海”雪上加霜

　　翁立达是水利部、环保部长江流域水资源保护局前任局长，曾主持完成三峡、南水北调中线工程、太湖治理等工程的环境影响评价。他一直感到忧心忡忡的是，现在，长江上游干流和支流梯级开发了很多水电站，像分蛋糕一样将长江的断面瓜分完了，长江水被一座座大坝层层拦截。大量水电站的上马，其严谨性和审慎程度都远不及曾经全民关注的三峡工程。没有那样大规模大范围长时间的论证、争论，也没有那样的公开性与透明度，更没有那样严格规范的建设程序。而迄今为止，不要说叠加效应的整体性研究缺失，就连上下游的梯级调度和管理都是尚未很好解决的问题。

　　引发世人关注的重庆市长江小南海水利枢纽，因“撞破”长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区的江段，而引发众多环境保护组织的反对。

　　曹文宣告诉记者，按《中华人民共和国自然保护区条例》第三十二条：在自然保护区的核心区和缓冲区内，不得建设任何生产设施。在自然保护区的试验区内，不得建设污染环境、破坏资源或者景观的生产设施。“因此，在自然保护区内兴建显著改变水域生态的水利枢纽工程，是有违这一条例的行为。”

　　据他介绍，这个国家级的自然保护区，是2005年才获得调整通过的。而之所以调整，也正是基于三峡之后，金沙江上的溪洛渡、向家坝两座巨型水库的兴建进一步改变了水域环境，压缩了水生生物的生存空间。所以，国家环保总局在当时的环评报告复函中，特别强调：“在规划修编与建设中应明确调整后的保护区内不得再进行水利水电开发活动。”

　　记者从多重渠道获悉印证：重庆市考虑将小南海工程列入议事日程，也正是在这一年。

　　2006年，重庆市召开小南海工程对自然保护区影响的讨论会，邀请曹文宣参加，被他拒绝。他说，“要在自然保护区里建，那当然就是有影响，还有什么可讨论的？

　　他认为：“调整的自然保护区的筹建工作才刚刚起步，就要在调整后的保护区内进行水利水电开发活动，视国家级自然保护区为可有可无，这是不能接受的。只要是法律规定的，不管是涉及人，或是涉及鱼，一律都应当遵守。”

　　2008年，国家发改委向各部委发出征求小南海开展前期工作和项目建设意见的函，国家环保部办公厅复函文件里的第一句话就说：“小南海水电站拟在长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区内建设，与有关背景不符”。

　　该文件中，用了“最后的避难所”、“优先保护意义重大”、“其地位无可替代”等措辞来描述这个保护区，并直指“长江流域综合流域规划难以适应保护需要，建议进行修订”。最后，环保部认为上马小南海水电站应持“极其慎重”的态度。

　　翁立达告诉记者，农业部一开始也不赞成这个工程，直到2009年10月通过《保护区重庆段调整方案》。此后，这个工程就“不在保护区里”了。2010年11月，环保部也通过了这一调整方案。

　　曹文宣对记者说：“小南海工程为鱼类设计的生态通道是仿自然通道。在水库外另外挖一条小河。仿自然通道理论上应该有用，外国也是这么搞的。但小南海的不是在旁边，是在中间的岛上，那就困难了，流程很短。主观愿望是希望它们能通过，但过不过得了谁也不敢保证。”