3月31号，自然之友、山水自然保护中心、达尔问自然求知社、公众环境研究中心等环保组织及北京大学生命科学院教授吕植等多名专家学者联名发出公开信，呼吁紧急叫停得不偿失的小南海水电站（前期）工程，严格依法保全长江干流唯一的国家级鱼类保护区。该公开信正在通过正常渠道递交国务院和重庆市政府。
　　重庆市拟建小南海水电站致“长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区”受到威胁一事日前引发社会强烈关注，网民纷纷发出“保护长江珍稀鱼类”的声音。然而，小南海水电站“三通一平”工程奠基仪式已于3月29日举行，前期工程建设在即。
　　在公开信中，环保组织和专家学者强烈呼吁国务院、有关部门和重庆市政府慎重决策，避免因该电站的开发建设造成的无法弥补的生态破坏和巨大浪费。
　　公开信表示，建设小南海水电站既不科学，也不经济。该电站不仅将阻断长江上游珍稀特有鱼类迁徙繁衍最后的生态通道，对长江上游的水生生态系统将造成毁灭性影响，而且它也没有重要的能源战略意义，更没有突出的经济效益。环境代价极大，而发电效益有限，重庆长江小南海水电站建设得不偿失。
　　环保组织和专家学者呼吁：暂停小南海水电站“三通一平”的施工，重新评估小南海水电站建设的利弊得失，严格依法保全长江干流唯一的国家级鱼类保护区；召开公民听证会，广泛听取四川、重庆、贵州、云南四省市各利益方意见；充分采取措施，保持自然保护区的完整性和生态功能，以此保护区为重点案例，进行全国自然保护区管理与保护的转型调研和工作，并着手加强保护效果，避免因开发建设造成的破坏；考虑替代方案解决重庆电力供应问题。