推动政府鼓励建设水电站的一个理由就是国家发电的碳排放水平。
　　根据智利太平洋水电公司和智利大学透明度基金环境经济和管理项目联合研究制定的指数，智利是南美地区每兆瓦/时发电排放二氧化碳第二高的国家。智利每兆瓦/时发电排放二氧化碳0.37吨，仅次于玻利维亚的0.39吨，巴拉圭、巴西和哥伦比亚在排名中靠前，最低排放水平达每兆瓦/时发电排放二氧化碳0.17吨。
　　太平洋水电公司总经理认为，智利发电碳排放较高的原因是发电方式不平衡，水电和新能源发电所占比重不足。智利的水电装机容量占总发电量的42%，哥伦比亚达72%，秘鲁占57.6%。智利电网中很多本该作为后备的柴油发电站在持续发电，二氧化碳排放量远高于其它发电方式，而水电潜力却由于项目无法实施未获得充分利用。