国际环保组织绿色和平在最新调查报告《危机中的云南天然林--云南天然林现状研究调查报告》中指出：云南天然林质量堪忧，原生林仅剩9%，大面积天然林在低产林改造中被皆伐，转换为人工林。绿色和平呼吁云南省政府和林业部门加强对原生林的保护规划，弥补低产林改造中的政策漏洞，并加强监管，以守护中国西南最重要的生态安全屏障。
　　“高质量的原生林是云南成为生物多样性宝库的基础，虽然像西双版纳等地的天然林已被重点保护，但这些地区以外的原生林却面临着被破坏和转换的威胁，需要尽快保护起来。”绿色和平森林保护项目主任吴浩说。

　　基于遥感解译、空间分析和实地调查，绿色和平发现云南天然林中保存较为完好的原生林面积只占云南森林面积的9%，为世界平均水平的四分之一。而且分布较为破碎，仅仅分布在一些地形复杂、人迹罕至的地区，例如高黎贡山、怒江大峡谷和西双版纳等地。

　　绿色和平在调查过程中还发现，就在高黎贡山自然保护区的周边，大面积的原生林因为公路修建而被砍伐，对国家一级保护动物——白眉长臂猿的栖息地造成了巨大的威胁。

　　“目前白眉长臂猿在中国仅存不到100只，倘若将来的二期工程按照其穿越高黎贡自然保护区的计划修建，则会对中国生物多样性最为丰富的高黎贡山带来灭顶之灾。”吴浩说，“原生林的消失和破碎化导致了物种多样性急剧减少，如果不及时采取措施，云南1/4的物种可能在本世纪内灭绝。”

　　云南现行的“中低产林改造”政策中存在漏洞，在执行过程中，大面积天然林被划为中低产林而被改造。绿色和平发现保山市腾冲县采取皆伐和转换树种等破坏性方式进行改造，使不少质量良好的天然林被转换为人工林，对当地的生态环境带来威胁。

　“云南一些地方政府对于低产林判定的标准不科学，并且在管理和监管中存在漏洞，对天然林的转换仅仅暂时提高了经济效益，但从长远的角度来看必然得不偿失，”吴浩说，“在国家颁布的《林业发展十二五规划》中已明确要求‘规范低产低效林改造，严格控制天然林转化为人工林’，显然云南一些地方政府的行为与该要求相悖。”

　　绿色和平呼吁云南地方政府划定生态红线，保护原生林，并将“停止天然林皆伐，停止将天然林转换为人工林”纳入到《云南省中低产林改造规划(2010-2020年)》中，并进一步加强监管。