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各认证机构依据《产品质量认证委员会管理办法》、《质量体系认证机构认可基本要求》（CNACR110）等规定，分别规定其各部门的职责和权限。如产品质量认证机构应设立秘书处及标准协调、产品检验、体系检查和申诉监理等部门。
秘书处的职责是：提出开展认证的产品目录，受理认证申请，办理认证证书及标志的批准、颁发、指导、注销、撤消手续，安排获准认证产品的日常监督检验，管理认证费用及日常处事联络等。
标准协调部门的职责是：确认认证用的标准、协调标准与实施认证要求，必要时，提出修订标准及其补充技术要求的建议等。
产品检验部门的职责是：推荐符合条件，可承担认证检验任务的检测机构；参与检测机构的评审；审核产品检验报告；监督检测机构的工作质量，并协调安排认证检验任务和组织相关检测实验室间的对比实验。
体系检查部门的职责是：编制质量体系检查细则，组织质量体系检查和监督复审，审核企业质量体系检查报告等。
申诉监理部门的职责是：受理认证申诉，调解处理认证工作中的纠纷，并监督认证机构其他部门的工作质量。
质量体系认证机构一般设立监理会（理事会）、技术委员会、办公室（秘书处）、体系审核和申诉监理等部门。
监理会负责制订认证机构的防止、政策，并监督其实施状况，检查财务状况等。
技术委员会负责审核质量体系审核报告，作出审定结论，批准颁发认证证书或给予注册。
办公室负责制定年度工作计划，证书的使用管理及人事、工资、文件、资料等日常管理工作。
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