1947年，日本已经制定《食品卫生法》，至今已对其进行多次修订。新修订的《食品卫生法》于2006年5月起实施。基于《食品卫生法》，2006年5月，日本正式实施《食品残留农业化学品肯定列表制度》，大幅抬高食品、农产品中残留各种化学品的标准。涉及食品、农产品中所有农业化学品残留物达799种。

　　2001年以来，日本遭遇雪印事件、0157中毒事件、疯牛病等多起食品安全事件，针对食品安全事故风险和预测管理，2003年日本又开始实施《食品安全基本法》，并成立食品安全委员会，成为继农林水产省、劳动厚生省的日本又一食品安全管理机构。